相较于大陆学者习惯于力求做到面面俱到的通史写作方式，该书的另一个重要特点，就是选取不同时期的几个专案进行探究，以此将整个历史贯穿起来。这较之面面俱到而流于浅显描述的写作方式不同，能够对历史上的某些重要问题进行比较深人的重新阐释。

    在该书的第一章，作者回顾了抗战胜利至1949年新中国成立前的中国佛教状况，简述了当时国共分裂和对峙的政治背景下佛教界所面临的自身的破败状况和以释太虚为领袖的佛教界为寻求佛教的生存和振兴所做出的一些努力，明确指出战后中国佛教的外患，主要来自当地政府机关、军警、地方劣绅等对于寺院之侵占和中共军队的“窜扰”对佛教“极大伤害”。在第二章中，作者透过对1949年释巨赞在大批中共友人的动员和支持下从香港来到北京接受新政权的背景与动机及其所受到的礼遇与作为，探讨释巨赞在大陆新旧政权鼎革之际所做出的人生抉择，并由此揭示佛教与新政治势力之间的互动关系，即释巨赞曾在国民党政权下力图革新佛教，但是并不能实现，因而，在大批中共友人的劝导与支持之下并有着中共地下工作背景的他，在1949年不可能跟随当时大批大陆僧侣逃往台湾和海外，而是积极地与中共新政权合作，以便实现革新佛教的理想。只是，他虽然得到新政权的优待，却不能如愿革新佛教。在第三章中，作者以释巨赞所创办、后来为中国佛教协会接手主办的《现代佛学》杂志为中心，通过对新中国成立至“文革”前夕大陆佛教在爱国与爱教、因袭与革新和参与各种政治运动的分析，展现“文革”之前佛教的诸种样貌。特别是在第四章中以1949年前就享有盛誉的佛教大居士康寄遥为例，通过对他 1949年以后种种人生境遇，最终在“文革”期间不断被揭发批斗至1968年含冤离世等的分析，探讨“极左”政治下佛教的命运与无奈。至第五章，作者以著名马克思主义史学家范文澜所著《唐代佛教》一书为例，分析了大陆马克思主义学者群体如何批评佛教和排斥佛教，指出大陆政治意识形态与佛教文化之间所存在着的不可调和的冲突与对立。而这恰好与“文革”前释巨赞等“现代佛学”派努力寻求马列主义与佛教之间的契合与互补，形成鲜明的对照。当然，此时释巨赞已身陷图图，而马克思主义学者们正掀起批判佛教的浪潮。

    改革开放以后，大陆佛教迎来了“重生”的机遇，自此开始了“重生”时期，因此从第六章至第九章，构成了该书的《重生篇》。作者重点以先后担任新恢复的中国佛教协会之副会长的释巨赞和释茗山为个案，探讨了1978年以后佛教在“重生”过程中如何适应新时期政治和经济发展的需而开展海内外佛教文化交流及佛教的恢复与重建工作。作者特别对照1978年前释巨赞在迎合与适应大陆政治运动过程中所遭受的命运沉浮，认为宗教人士因为丧失了宗教主体性而依附于政治，或被政治势力利用而获得一时表面风光，或者受政治打击而成阶下囚。全书的最后两章，作者针对大陆学者近二十年来出版的《欧美佛教学术史》《二十世纪中国佛教》和《中国佛教通史》等作品的分析，积极肯定了改革开放后大陆佛教学者逐渐摆脱“文革”教条的束缚，在质与量上都取得相当成果，同时也指出一些值得检讨与改进的问题，“在研究的深、广度都有待提升”;“在问题意识与创新上”也不足，“致研究工作缺少开拓性”。作者还就近年来亲身参与大陆佛教学术交流活动，特别通过近百年大陆与日本、韩国、越南和台湾等地区佛教开办大学教育的对比，指出大陆佛教的真正复兴依赖于义学的探讨和教界人才的培养，需要恢复和弘扬“寺院兼书院”的历史传统，而着眼佛教的未来发展，更有必要创办有中国特色的佛教大学。