从会昌元年到会昌四年(公元841-844年),唐武宗经过四年的调查准备,为全国规模的灭佛做准备。在这期间,武宗曾下令禁止法门寺供养佛指舍利,“不许置供及巡礼等。如有人送一钱者。脊杖二十。如有僧尼等。在前件处受一钱者,脊杖二十。诸道州县有送供人者。当处投获。脊杖二十。”后又下令,拆毁国内的小型寺院、僧房。
会昌五年(公元845年),灭佛迎来高潮。武宗先下诏毁掉山野之中的民间寺院,然后限制各地的寺院和僧尼数目,并按行政级别规定数量和人数,其他的寺庙则全部摧毁,景教徒及袄教徒全部还俗。寺院中的财物、田产全部没收充公,拆下来的建筑材料用以修葺官署和骚站,铜像、钟磐熔化铸钱。然后下诏陈述佛教的弊端。灭佛后的情景是“天下所毁寺四千六百徐区,归俗僧尼二十六万五百人,大秦穆护、袄僧二千徐人,毁招提、兰若四万徐区。收良田数千万顷,奴碑十五万人。”
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灭佛之初,武宗曾下诏说:“联听说三代之前还没有佛教,汉魏才开始兴起。从此之后,佛教中的种种异俗被人们熟习,开始蔓延。以至于损害国风而众人不觉。诱惑人意,而民众日益沉迷。九州之内,两京之中,僧徒日益增加,佛寺日益繁多。修改寺院劳烦人力,捐赠功德对人钱财,只认师傅不认君亲,为遵守戒律抛弃配偶。坏法害人,无非这些行径。况且一个人不耕田就会有人挨饿;一个妇人不缀丝,就会有人受冻。现在天下的僧尼人数太多,都等着别人为他们种田和制衣,过着寄生虫的日子。寺院雕梁画栋,堪比宫殿。晋、宋、齐、梁以来,物力匾乏,风俗浮薄诈伪,皆是因此而起。”“开元之治”以后,唐代的商业逐渐发达,货币流通加快,对铜的需求增加。德宗时两税法推行后,对铸钱所用的铜需求更为迫切。武宗灭佛,也是为了要铜。《唐会要》记载,武宗在会昌五年曾下旨收集佛寺内的铜像及钟馨铸钱,还下令天下士庶之家将家内的所有铜佛像一并送入宫内。《佛祖统纪》记载武宗在灭佛后下旨除铜像钟馨铸钱外,铁像也要被融化以铸农器。经过这次灭佛,佛教收到了巨大的打击,不复往日的繁荣景象。但是寺院内大量的闲置人口被解放,土地和财产也被收归国有,客观上减轻了人民的负担,有利于国家的经济发展。