1991年2月，中共中央和国务院下发《关于进一步做好宗教工作若干问题的通知》，通知强调国家应高度重视宗教工作，并对宗教工作的任务提出了明确的指导。国家全面贯彻执行宗教信仰自由政策，依法管理宗教事务，对宗教团体和宗教事务坚持独立自主自办的原则，防止其受到境外势力的干扰。宗教工作的任务包括全面正确贯彻执行宗教信仰自由政策、依法管理宗教事务、发挥爱国宗教团体的积极作用、坚决打击利用宗教进行的犯罪以及健全宗教工作机构。
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2002年1月，中共中央国务院颁布《关于加强宗教工作的决定》，该决定提出了当前宗教事务面临的问题以及需要解决的任务，并再次提出应当依法对宗教事务进行管理，把对宗教事务的管理纳入法制化轨道。另外，该决定首次专门提出了要注重农村宗教工作，并做好少数民族地区的宗教工作。
在这一时期，其他有关法律如教育法、劳动法以及法规、规章等中均有涉及宗教信仰自由的条款。[37]中国相继颁布了一系列新的行政法规、部门规章、地方性法规及规章，如《宗教事务条例》、《境内外国人宗教活动管理规定》、《宗教院校设立办法》等。其中2004年11月颁布的《宗教事务条例》从宗教团体、宗教活动场所、宗教教职人员等方面对宗教问题进行了详尽的规定。该条例为全国范围内的综合性行政法规，标志着中国在宗教管理领域内立法的进步，推动了宗教管理的立法进程。在这一时期，中国的宗教管理立法进一步健全，国家提出了全面构建宗教立法体系的宏观设想。在宗教管理的立法体系中也按照宪法、基本法律、法规、规章的层次，分别展开了立法工作。
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