目前中国宗教管理法律体系分为四个层次，分别为宪法、基本法律、行政法规、部门规章、地方性法规以及规章。
第一层次为宪法。宪法规定了公民的宗教信仰自由原则，作为中国宗教管理立法的总依据和总章程。
第二层次为基本法律。主要有民法通则、刑法、教育法、义务教育法、民族区域自治法、选举法、劳动法、城市居民委员会组织法、村民委员会组织法等。在上述法律中，均涉及了宗教信仰自由的原则，但未对宗教事务的管理做出具体的规定。
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第三层次为国务院行政法规及部门规章。1994年2月，国务院颁布了《境内外国人宗教活动管理规定》，对外国人在中国境内进行宗教活动的权利与义务进行了规定。2005年3月国务院出台《宗教事务条例》，该法规是专门管理宗教事务的综合行政法规，是现阶段中国宗教管理立法的核心，对中国的宗教管理立法具有十分重要的意义。国务院颁布的部门行政规章有:《境内外国人宗教活动管理规定实施细则》、《宗教教职人员备案办法》、《宗教活动场所主要教职任职备案办法》、《宗教活动场所设立审批和登记办法》、《宗教院校设立办法》等。
第四层次为地方性法规及地方性规章。为进一步加强对地方宗教事务的管理，各地区结合自身实际，也开始制定地方性宗教法规。如2014年11月新疆维吾尔自治区通过《宗教事务条例》，该条例重申宪法中“公民宗教信仰自由”的原则，贯彻落实国家对宗教事务“保护合法、取缔非法、抵制极端、打击犯罪”的态度与方针，在对防止宗教极端思想的渗透方面，增设了具体的条款加以规范，为新疆打击宗教极端活动提供了重要的法律依据。除了地方性法规之外，全国还有很多省市颁布了宗教管理工作的地方政府部门规章，涉及了宗教管理工作各个方面的内容。
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