在相互融合过程中，三者之间也具有不同之处。第一，在仪式组织与教义思想方面，民间信仰没有规范化、仪式化的组织与活动场所，也没有明确的教义思想;而儒教以儒家思想为最高信仰，以十三经为经典，以古代官僚机构为组织，以天坛、宗庙、孔庙、泰山为祭祀场所;道教以“道”为最高信仰，发源于古代本土中国春秋战国的方仙道，以《道德经》等为经典，具有道教专门的道观与道士组织。第二，在信仰内涵上，民间信仰信奉多种神灵，主要以世俗神灵为主，多是根据民众日常生活需求而产生，最高神为天帝;儒教则是以孔子为先师，圣人神道设教，最高神为天，主张天子为天帝的儿子，是儒教宗教领袖，其信奉神灵多是为稳固国家统治而做出巨大贡献与牺牲，受到官方政府嘉奖的封建人物;道教则是在民间信仰神灵崇拜体系基础之上，将民间传说中的追求修仙或修真之道的人物奉为神灵，包括其道教飞升人物，最高天神为三清天尊。第三，从主要目的而言，民间信仰是民间民众自发、自觉形成，其目的是为了维护自己的现实生活利益;儒教则是倡导王道德治、尊王攘夷和上下秩序的国家宗教，主要在于维护国家统治秩序的稳固，注重人与人、人与社会之间的道德秩序，以各种礼仪形式来规范个人思想言行;道教主要宗旨是追求长生不死、得道成仙和济世救人，注重个人修仙，倡导尊重自然规律。第四，在地位与影响范围方面，民间信仰一直处于边缘地位，是下层民众的祭祀礼仪和信仰体系，被国家统治者所忽视，但是其影响范围最为广泛，信众较多;儒教作为一种国家官方宗教，其教化力量具有明显的强制作用，在统治阶级干预之下对民间信仰进行引导和改造，并且对于祭祀礼仪具有明确的规范性，禁止淫祀;道教作为一种官方认可的本土宗教，与民间信仰关系最为密切，虽然为部分统治者所仰，但其仍处于异端地位，信众较少，影响不如前两者。