敦煌作为丝绸之路上的重镇，是东西方经贸、文化交流的窗口。唐后期五代宋初，大云寺己成为当地有影响力的一座大寺。大云寺也多次在敦煌文书中出现。就现存的资料来看，大云寺经常以“云”或“大云”的简称出现在敦煌文书中，其中有时间标志的文书共有21件，使用吐蕃天干地支纪年法的文书有10件，有确切年号表明的有11件。根据敦煌文书和前人的研究成果，可以大致推算出敦煌大云寺的存废时间。

    敦煌大云寺第一次出现是在唐代贞观十六年(642)，莫高窟第220窟北壁下部发愿文“贞观十六年岁次壬寅，奉为大云寺律师道弘法师造奉者”‘。《唐会要》四十八载:“武后天授元年(690)，令两京天下诸州各置大云寺一所”，武周时期的这条政令只是向各地要求建立一所大云寺，并公布了大云寺的布局和主尊配置，并没有明确要求必须新建。因此许多地区的大云寺其实是原有寺院的基础上，改变寺院主尊佛像或直接更名而成的。敦煌地区的大云寺存在时间是因为莫高窟供养人题记的明确纪年，学界前辈也均认同唐代贞观十六年(642)，为大云寺在敦煌历史上第一次出现的时间。姜亮夫先生《莫高窟年表》、李正宇先生《敦煌地区古代祠庙寺观简志》等在谈及大云寺的建寺时间时也都引用莫高窟第220窟供养人题记中提到的贞观十六年的说法。可见，在武则天下令天下诸州建造大云寺之前的四十年，敦煌大云寺便以独立的姿态出现在敦煌佛教的历史上了，并一直历经归义军时期直到宋雍熙五年(988)。伴随着敦煌佛教的衰落，也逐渐淡出了历史。

    根据现有的敦煌文献，最后一次有关大云寺的记载是在BD14927(新1127)号《道行般若经卷四》中。《道行般若经》卷四题记中载:“雍熙五年(988)岁次戊子三月廿日大云寺僧法盈书写道行经一卷。”文书中记载的雍熙五年即为北宋太宗端拱元年。此后的文书中并未再出现过有关大云寺的任何记载。

    因此，就目前所掌握的资料可以得出，敦煌大云寺的存在时间为唐贞观十六年(642)，经历了吐蕃和归义军的统治，直到北宋太宗端拱元年(988)。